Прототип, структура, каркас сайта - это схема размещения блоков на будущемстранице. Состоит из блоков - навигации, меню, галлереи, отзывов, описания услуг, видео и т.д.
В зависимости от типа сайта зависит и набор этих блоков. Для лендинга он один, для интернет-магазина - другой. Прототип нужен, что бы заказчик представлял как будет вести себя пользователь зашедший на сайт, что он увидит в начале сайта и что в конце. Позволяет моделировать поведение пользователя на сайте, еще на этапе его создания и добиваться самой цели создания сайта - купить товар, оставить заявку, записаться на сеанс и т.д